Foi ordenado Presbítero na Igreja do Seminário de São José, Bragança, em 16/06/1991.

Licenciou-se em Teologia, pela Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa no Porto.

Entre os anos 1991 e 1998 teve um ativo ministério presbiteral na Diocese de Bragança-Miranda, exercendo diversos cargos e serviços pastorais.

No ano letivo de 1999/2000 foi indicado pelo então Bispo de Bragança-Miranda para obter uma especialização na área da Liturgia, em Roma, tendo concluído a Licenciatura em Liturgia a 16/01/2002 e o Doutoramento a 06/03/2004 no Pontifício Instituto Litúrgico do Pontifício Ateneu de Santo Anselmo.

Foi nomeado Vice-Reitor do Pontifício Colégio Português em Roma no ano de 2001/02 e em 2005/06 passou a Reitor do mesmo Colégio até ao ano de 2011.

De 2008 a 2011 foi comissário deputado na Comissão Especial para o tratamento das causas de dispensa das obrigações do Presbiterado, segundo as normas da Congregação para o Clero.

De 2010 a 2016 foi Consultor da Congregação para o Culto Divino e a Disciplina dos Sacramentos.

Durante o período que permaneceu em Roma (1990 a 2011) leccionou várias disciplinas, mormente relacionadas com a sua especialização em Liturgia, na Faculdade de Teologia da Pontifícia Universidade de S. Tomás de Aquino (Angelicum) e no Pontifício Instituto Litúrgico, em Roma.

De 2005 a 2011 foi também membro do Conselho de redação da Revista Seminarium da Congregação para a Educação Católica, Vaticano.

É autor de diversas obras, a saber:

• J.M.G. CORDEIRO, A Sacramentalidade e a Ministerialidade no primeiro milénio, através de alguns testemunhos patrísticos, litúrgicos e teológicos (Fundamenta 25), Universidade Católica Editora, Lisboa 2004, 280 pp., ISBN 972-54-0082-8.
• J. CORDEIRO – L. MORAIS, Novena – Retiro Nossa Senhora da Serra, Rebordãos, Bragança 2002, 152 pp.
• J. CORDEIRO – S. PIRES, Seminário Diocesano de S. José. Memória e desafios, Seminário de S. José, Bragança 2007, 85 pp.
• J.M.G. CORDEIRO – J.F.C. ESTEVES, Liturgia da Igreja (Estudos teológicos 29), Universidade Católica Editora, Lisboa 2008, 292 pp., ISBN 978-972-54-0190-3.
• J.M. CORDEIRO, O padre – do mistério ao ministério, Pedra Angular, Lisboa 2009, 192 pp., ISBN 978-989-96145-5-0.
• J.M. CORDEIRO, O grão de amendoeira, Pedra Angular, Lisboa 2010, 175 pp., ISBN 978-989-96145-9-8.
• J.M. CORDEIRO, O bispo, servidor da esperança. Viver a missão como profecia, Paulinas, Prior velho 2011, 126 pp., ISBN 978-989-673-196-0.
• J.M. CORDEIRO, O Seminário, laboratório de esperança para o futuro, Bragança 2011, 33 pp.
• J.M. CORDEIRO, Liturgia, a primeira escola da fé, Paulus, Lisboa 2012, 64 pp., ISBN 978-972-30-1659-8.
• J.M.CORDEIRO, Fé acreditada, fé rezada. 12 celebrações para o Ano da Fé, Paulinas, Prior Velho 2012, 175 pp., ISBN 9789896732745.
• J.M. CORDEIRO, A árvore do pão, Bragança 2014, 278 pp., ISBN 978-989-98545-2-9.
• J.M. CORDEIRO, Corações ao alto / Introdução à Liturgia da Igreja, Paulus, 216 pp., ISBN 9789723018141.
• J.M. CORDEIRO, O bálsamo da unção, 2015, ISBN 978-989-985-45-7-4.
• J.M. CORDEIRO, Celebrar o Dom da Graça, 120 pp., ISBN 978-989-8293-95-4.
• J.M. CORDEIRO, Caroço de Cereja, 2021.

Tem um grande número de artigos publicados em jornais e revistas de importante envergadura científica, doutrinal e informativa, tendo mantido com alguns deles uma colaboração mais ou menos regular.

Conta, igualmente, com alguns prefácios e recensões a obras de diversos autores.

Assinala-se a extensa lista de conferências, palestras e acções de formação em diversos pontos de Portugal e de outros países como Itália, França, Angola, Moçambique, Brasil e Timor Leste.

Tal atividade tem tido destinatários diversos que vão desde o público em geral até públicos muito específicos, leigos, presbíteros, religiosos e religiosas e bispos.

Orientou alguns retiros espirituais a presbíteros, religiosos e religiosas e bispos.

A 18/07/2011, foi eleito Bispo de Bragança-Miranda pelo Papa Bento XVI.

A sua Ordenação Episcopal e início do ministério pastoral ocorreu a 02/10/2011 na Catedral de Bragança, tendo escolhido como lema do seu episcopado “Ad docendum Christi mysteria”.

Em 15 de Maio de 2012 foi empossado como académico correspondente da Academia Internacional da Cultura Portuguesa. A sessão de investidura teve lugar na sede da instituição, em Lisboa, onde o prelado fez uma dissertação sobre o tema “Do Movimento Litúrgico à Reforma Litúrgica em Portugal”.

Foi Presidente da Comissão Episcopal da Liturgia e Espiritualidade entre 2014 e 2020.

Membro da Congregação para o Culto Divino e a Disciplina dos Sacramentos desde 2016, é Vogal do Conselho Permanente da Conferência Episcopal Portuguesa (CEP), desde 26 de abril de 2017. Em 2018 foi nomeado, pela CEP, delegado de Portugal nos Congressos Eucarísticos internacionais.

Informação actualizada em 21.01.2021